因應南瑪都颱風可能帶來的強大風雨，新竹縣災害應變中心8月27日下午2點三級開設，28日早上8點二級開設，28日中午12點一級開設時，邱縣長親自坐鎮主持災害整備會議，要求每個防災緊急應變小組上緊發條，抽水區機要測試好、自來水公司及早儲水備用、救護車也要全面戒備、不希望新竹縣有任何差錯！
為應中度颱風南瑪都災害防救需要， 新竹縣政府8月28日8時公告劃定「尖石鄉、 五峰鄉山地經常、特定管制區、大鹿林道、頭前溪沿岸、新豐溪沿岸、霄裡溪沿岸及竹北市 、新豐鄉海域（港口 ）沿岸等區域範圍」為管制區，非持有通行證件，不得進入。
邱縣長提醒，慎防坍方、落石、山洪爆發及土石流 ，對可能發生災害地區廣設收容所 ，提供民眾疏散 避難，並注意鷹架、路樹、廣告招牌的強固，必要時將危險區域內居民預先疏散 至安全處所 ，沿海低窪地區應防海水倒灌 ，另請針對所管轄水門加強巡查，並準備 包及移動式抽水機24小時待命。另外，請各鄉鎮市檢測各項資通訊設備 ，原住民行政處要測試山地鄉衛星電話。
新竹縣災害防救辦公室執行秘書消防局長林祥欽提醒，抽水機油料加滿，協力廠商維持聯繫，竹北、新豐嚴防淹水，下水道要清淤、嚴防坡地落石災害發生。尤其南清公路加強整備、重機具及早進入。
林局長還說，頭前溪、鳳山溪、 宵裡溪不准在河床工作，請河岸巡查員、警方加強巡查戒備，針對各界關心尖石、五峰兩鄉的整備情形，林局長表示， 尖 石鄉有10具衛星電話，五峰鄉有7具， 各鄉鎮共有13具，消防局有6 具，27日已一一測試完畢。
經統計尖石五峰兩鄉還有224個遊客，其中山上人家32人、 雪霸農場 92 人、尖石鄉 各民宿100人，已通知儘速離開 。其中，尖石鄉已緊急徹離12位急重症民眾。
受到南瑪都颱風影響，由納智捷、裕日車、必翔以及台灣車輛研發聯盟所提供的電動車，繞行高鐵週邊道路，體驗低碳運輸的服務 試乘活動到28日下午2時止，相關展示則移師到喜來登飯店展示到8月31日止。另外，原本在8月30日假新竹縣文化局登場的藏傳文化特展也受颱風影響順延。8月29日新竹縣各國中小的返校日也取消。