違章建築房屋，雖然未取得建管單位核發之使用執照，且隨時可能會被拆除，但在未拆除前依法仍要設籍課徵房屋稅。
一般民眾誤以為違章建築房屋，可能隨時會被拆除，就不必課徵房屋稅。新竹縣政府稅捐稽徵局表示，依照房屋稅條例規定，房屋稅係以附著於土地之各種房屋及有關增加該房屋使用價值之建築物為課徵對象，違章建築房屋符合房屋稅課徵的要件自然不能例外。

稅捐局進一步說明，房屋應於建造完成之日起30日內，向當地主管稽徵機關申報設立房屋稅籍，如漏未申報因而發生漏稅者，只要經稽徵機關查得，或經人舉發查明屬實者，除應補繳房屋稅外，應加處房屋稅漏稅額2倍以下罰鍰。惟該局基於愛心辦稅，違建房屋在未經檢舉前，均會輔導民眾主動申報設立房屋稅籍，依法繳納房屋稅。

稅捐局特別提醒民眾，房屋稅的完納僅表示納稅義務之履行，違章建築房屋不會因為有繳納房屋稅而變成合法房屋。如有任何疑問，歡迎利用該局免費服務電話0800-366969洽詢。